وی تحصیلات دانشگاهی خود را تا دوره دكتراي تخصصي (Ph.d) اقتصاد دانشگاه تهران نیز ادامه داده است.
دکتر رفیعی مدرس دروس اقتصاد کلان، اقتصاد خرد، اقتصاد بخش عمومی ،اقتصاد توسعه، اقتصاد ریاضی ، کلیات اقتصاد ،روش تحقیق ، اقتصاد اسلامی و جامعهشناسي در دوره کاشناسی و دروس اقتصاد خرد ، اقتصاد ریاضی ، اقتصاد سنجی و فلسفه اسلامی در دوره کارشناسی ارشد بوده است.
وی علاوه بر انجام کارهای پژوهشی در قلمرو فلسفه علوم انسانی و اقتصاد اسلامی سخنرانيهائي علمي عمدتاً بر محور جنبش نرمافزاري، عدالت و نظام سياسي اسلام و … در دانشگاههاي اهواز، بيرجند، همدان و قزوين. سخنراني با موضوع حدود و حقوق مردم در نظريه ولايت فقيه در همايش به سوي دولت اسلامي. سخنراني با موضوعات نسبت ما و ليبراليسم و نسبت علم و دين در حوزه علميه قم و… داشته است،
سوابق علمی ـ اجرايي رفیعی آتانی:
1. بنيانگذاري دبيرخانه جنبش نرمافزاري در معاونت پژوهشي حوزه علميه قم،1383 .
2. سردبير ماهنامه پويا براي مؤسسه آموزشي و پژوهشي امام خميني (ره)1382.
3. سردبير فصلنامه پژوهش و حوزه متعلق به مرکز مدیریت حوزه عليمه قم از سال1383 تا 1388.
4. سردبیر فصلنامه علوم انسانی اسلامی صدرا.
5. بنيانگذاري و مديريت مركز تحقيقات حوزه علميه قزوين از سال 1378 تا 1381.
6. رئيس پژوهشكده بينالمللي مطالعات اسلامي وابسته به سازمان حوزهها و مدارس علميه خارج از كشور، از سال 1384تا 1387.
7. دبیر اولین و دومین همایش ملی الگوی اسلامی ـ ایرانی پیشرفت درسالهای 1389 و 1390.
8. مدیر بنیاد پژوهشی الگوی اسلامی ـ ایرانی پیشرفت از سال 1388.
9. دبیر علمی اولین و دومین کنگره بین المللی علوم انسانی اسلامی در جمهوری اسلامی ایران در سالهای 1391و 1392.
10. رئیس هیئت داوران بخش اقتصاد و مدیریت کتاب سال حوزه با حکم مدیر حوزه علمیه قم.
11. عضو شورای علمی گروه فلسفه علوم انسانی و گروه الگوی اسلامی ـ ایرانی پیشرفت در پژوهشگاه فرهنگ و اندیشه اسلامی.
12. مدیر گروه اقتصاد دانشگاه بینالمللی المصطفی(ص).
وی به عنوان کارشناس برتر برنامههای اقتصادی رادیو در سال 1390نیز انتخاب شده است.