یحمل الشیخ جوادی الآملی فی العدید من کتبه، مثل: «منزله العقل فی هندسه المعرفه الدینیه»، و«الشریعه فی مرآه المعرفه»، و«المعرفه الدینیه»، و«ما یتوقّعه الإنسان من الدین»، و«النسبه بین الدین والدنیا»، وفی کتبه التفسیریه، من قبیل: «التسنیم فی تفسیر القرآن الکریم»، رؤیهً إیجابیه تجاه العلم الدینی. وعلى هذا الأساس فإن العلوم التجریبیه التی تعمل على بیان ماهیه فعل الله تعالى تندرج فی زمره المسائل والقضایا الدینیه. ذهب الشیخ جوادی الآملی فی بحث العلم الدینی إلى أن المراد من العقل لیس هو مجرّد العقل فی الفلسفه أو العقل التجریبی، وإنما یقول: «إن المراد من العقل فی هذه السلسله من الأبحاث لیس هو خصوص العقل التجریدی الذی یقدِّم براهینه فی الفلسفه والکلام، بل یشمل العقل التجریبی الذی یتبلور فی العلوم التجریبیه والإنسانیه، کما یشمل العقل شبه التجریدی الذی یتکفَّل بالریاضیات، والعقل الخالص الذی یتکفَّل بالعرفان النظری»( ۲۵۱ ). لقد عمد الشیخ جوادی الآملی من خلال البیان المتقدِّم إلى بیان مرحلهٍ أخرى من أسلمه العلوم: «هناک عنصران مؤثِّران فی أسلمه أمرٍ ما؛ أما الأوّل، والذی یُعَدّ هو الأصل فی ذلک، فهو التأسیس والإبداع من ناحیه الشارع المقدَّس؛ والثانی، الذی یکتسب الصبغه الدینیه، هو تنفیذ وإمضاء العقود التی یبرمها الناس؛ کی لا تکون مغایرهً للأصول الأخلاقیه وقواعد العلم الإسلامی»( ۲۵۶ ). إن هذه النظریه تواجه السؤال القائل: ما هو الأسلوب الذی یجعل الدین شاملاً لجمیع العلوم، الأعمّ من الإنسانیه والتجریبیه والقوانین والقرارات والعلوم الوحیانیه؟ یستند الشیخ جوادی الآملی ـ فی معرض الإجابه عن هذا السؤال ـ إلى الفرضیات التالیه: ۱ـ حضور العقل فی هندسه المعرفه الدینیه.