با جنبش تنباکو، پایه های حکومت استبدادی ناصرالدین به لرزه درآمد و هیبت دولت مطلقه شکست. روشنفکران و عالمان دینی به صورت غیررسمی ائتلاف نمودند و مردم وارد عرصه تحولات سیاسی و اجتماعی شدند. با مرگ ناصرالدین شاه و آغاز حکومت مظفرالدین شاه که مردی نرم خو بود، نسیم آزادی وزیدن گرفت و تکاپوی عالمان دینی و روشنفکران بیشتر شد. زمینه های انقلاب از هر جهت فراهم بود؛ چوب زدن به پای بازرگانان تهران، به دلیل گران شدن قند توسط علاءالدوله حاکم تهران، بهانه ای بود تا عقده های فروخفته عالمان دینی، روشنفکران و مردم، از حکومت قاجاریه سر باز کند و به قول آیت الله طباطبایی، حال که کار به این جا رسید، کار را یکسره و تمام نمایند و آنچه سه ماه دیگر در پی انجام اش بودند، به جلو بیندازند.(1) بدین ترتیب، با مهاجرت رهبران دینی و مردم ـ معروف به مهاجرت صغری ـ به حرم حضرت عبدالعظیم حسنی(ع) در شهر ری، انقلاب مشروطه آغاز شد. مهم ترین درخواست آنان در آن مرحله، عزل علاءالدوله و تأسیس عدالت خانه بود؛(2) هر چند حکومت، ابتدا با تقاضای مهاجران موافقت کرد، اما طولی نکشید که رهبران دینی دریافتند که دولت قصد عمل به درخواست های آنان را ندارند؛ لذا در 23 جمادی الاولی 1324ق (15 ژوئیه 1905م) راهی قم شدند و بسیاری نیز در سفارت انگلستان تحصن نمودند؛ برخی فقط «تعداد طلاب متحصن در سفارت انگلیس را ... هزاران نفر»(3) دانسته اند. سرانجام با مجاهدت رهبران دینی و روشنفکران، و پایداری مردم، انقلاب مشروطه به پیروزی رسید و در 14 جمادی الثانی 1324ق (14 مرداد 1285ش، 1906م) فرمان پذیرش مشروطیت و تأسیس مجلس شورا صادر گردید. از مدت ها پیش، تحولات سیاسی ـ اجتماعی تهران به گونه ای پیش می رفت که بین شیخ فضل الله نوری از یک سو و سیدعبدالله بهبهانی و سیدمحمد طباطبایی از سوی دیگر، اختلاف ایجاد شده؛(4) با این همه، شیخ فضل الله نوری، در مهاجرت کبری، به دیگر عالمان دینی تهران پیوست، اما وقتی سیدمحمد طباطبایی در قم فواید مشروطه را بیان می کرد، شیخ فضل الله نوری، به مخالفت برخاست و گفت: «فوایدی که برای مشروطه برشمردید، همه به جای خود خوب و کسی را حرفی نیست،...[اما] آزادی تامّه و حریّت مطلقه... این حرف از اصل غلط و این سخن در اسلام کلیتا کفر است... . اما قانونی [که]... وضع خواهد شد، اولاً قانون ما در هزار و سیصد و اندی سال قبل... به ما داده شده، بر فرض که امروز بخواهند قانونی بنویسند، باید مطابقت بر قرآن محمد و شریعت احمدی داشته باشد...».(5) به هر حال، طولی نکشید که در مسائلی مانند معنی و مفهوم مشروطه، آزادی، قانونگذاری، تشکیل مجلس شورا و...، اختلاف میان دو جناح عمده رهبران مذهبی گسترش یافت. گروهی که به مشروطه خواه معروف شدند ـ ولو از باب دفع افسد به فاسد ـ مشروطه را به سود اسلام و مسلمانان معرفی کردند و مخالفت با مشروطه را در حکم محاربه با امام زمان(عج)، و افرادی مانند شیخ فضل الله نوری را زیان کار و منحرف خواندند و دخالت او در امور مسلمین را نادرست اعلام نمودند؛(6) از سوی دیگر، مخالفان مشروطه یا مشروعه خواهان که به وسیله شیخ فضل الله نوری رهبری می شدند، «متذکر به این کلام [بودند که] ما دین نبی خواهیم، مشروطه نمی خواهیم... مسلمانان مشروطه کفر است، منافی مسلمانی است، مشروطه خواهان بابی هستند»(7) و حکم مراجعی چون مرحوم آخوند خراسانی، مازندرانی و... را صادر کردند و مال آنها را مباح و خونشان را هدر شناختند.(8) در سطح مرجعیت، آیت الله آخوند خراسانی، شیخ عبدالله مازندرانی و علمای درجه دوم، همانند علامه نائینی، سیدمحمد طباطبایی، سیدعبدالله بهبهانی و... از رهبران مشروطه خواهان و آیت الله سیدمحمد کاظم یزدی صاحب کتاب «العروة الوثقی» در سطح مرجعیت و شیخ فضل الله نوری، شیخ عبدالنبی نوری، میرزا ابوطالب زنجانی و... از علمای درجه دوم، مشروعه خواهان را رهبری می کردند. هر چند درباره موارد اختلاف میان عالمان دینی در انقلاب مشروطه، پژوهش های تاریخی و تحلیلی زیادی صورت گرفته است، اما در مورد علل اختلاف، کمتر بحث شده است.